クヌギ、ナラ等の広葉樹のマット（培地）に、ヒラタケ、オオヒラタケ等のキノコ菌を植菌した物で、他の飼育方法に比べ、短期間で大型の成虫が得られるため、最近の主流となっている。
但し、初令幼虫の死亡、蛹化不全、羽化不全等の危険度が高く、菌に合わない幼虫もいるため、必ずしも大きくなるとは限らない。
また、温度管理が必要で、特に高温では菌が死滅してしまう場合があるので注意が必要。

菌糸ビンに多く使用されるキノコ菌として、ヒラタケとオオヒラタケがあげられる。 これらは更に細かく分類されるが、ヒラタケ系ではシメジ等、オオヒラタケ系ではエリンギ等が一般的に知られている。
菌糸の延びる最適温度は、ヒラタケで25℃前後、オオヒラタケで23℃前後。
材飼育ではカワラタケ材の効果が大きい様だが、菌糸ビンとしてはあまり一般的ではない。

菌糸ビンが幼虫飼育に有効な理由は、大きく分けて以下の２つの効果によるものである。

キノコ菌が材を腐朽（分解）することにより、材の成分（セルロース、リグニン等）は様々な物質に分解されていく。
幼虫はキノコ菌により分解された栄養素（アミノ酸、糖分、キチン質等）を摂取、吸収し成長していく。

マット（培地）をキノコ菌糸で覆うことにより、キノコ菌以外の雑菌の繁殖を抑制することができる。
菌糸が劣化し雑菌が繁殖すると、急激な発酵を招き、温度の上昇、ガスの発生、酸欠につながる。

短期間で大型の成虫が得られる菌糸ビンだが、逆に危険な面もある。 菌糸ビン飼育での事故として以下があげられるが、この事故をいかに防止するかが菌糸ビン飼育のポイントとなる。